Raziskovalci ljubljanske univerze s člankom v reviji Computational and Structural Biotechnology
Ljubljana, 9. julija - Raziskovalci Centra za genomiko in bio čipe ter Laboratorija za računalniške strukture Univerze v Ljubljani so v ugledni znanstveni reviji Computational and Structural Biotechnology objavili članek, v katerem so predstavili protokole za izbiro genomskih presnovnih modelov, so sporočili z Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani.
Slovenska raziskovalna skupina, v kateri deluje avtor članka Andrew Walakira iz Ugande, študent prvega letnika doktorskega študija biomedicine in mladi raziskovalec na Medicinski fakulteti v okviru projekta TRANSyS, je preučevala učinkovite protokole za izbiro genomskih presnovnih modelov, ki so ključni pri biološki interpretaciji podatkov transkriptoma. V skupini so sodelovali številni strokovnjaki s celotne univerze, ki so članek pripravili kot plod dolgoletnega uspešnega sodelovanja med medicinsko fakulteto in fakulteto za računalništvo in informatiko.
"Preučevanje bioloških sistemov 'in vivo' je za nižje organizme pogosto zelo zapleteno, za višje organizme, kot so ljudje, pa celo nemogoče. To je posledica visokih stroškov in tudi etičnih razlogov. Zato smo razvili računske modele v obliki genomskih presnovnih modelov (GEM), ki zapolnjujejo to praznino," so v sporočilu za javnost zapisali na medicinski fakulteti.
Kljub temu je narava in zmožnost kontekstualnega modela v veliki meri odvisna od izbire algoritma za integracijo podatkov, znanega tudi kot metoda ekstrakcije modela (MEM). Da bi to težavo rešili, so uvedli protokol za učinkovito pridobivanje kontekstno specifičnih GEM na ponovljiv način. Poleg tega so v članku opisali pristope, s katerimi lahko analizirajo rezultate, pridobljene z izbranim MEM, in jih postavili v biološki kontekst.
Pri svojem delu so se raziskovalci osredotočili na sisteme, ki so povezani s holesterolom. Njihov model je pravilno napovedal, da je jetrna presnova holesterola obogatena pri miših, ki se hranijo z visoko vsebnostjo maščob brez holesterola, v primerjavi s prehrano z dodanim holesterolom. Preseneča pa, da so bile nekatere živali tudi na prehrani z nizko vsebnostjo maščob brez holesterola, so še dodali.