Na NIB razvili sistem za upravljanje z raziskovalnimi podatki pISA-tree

Kot so zapisali v sporočilu za javnost gre za enostaven, uporabniku prijazen in prilagodljiv sistem s predlogami za projekte s področja ved o življenju, ki ga že nekaj let izpopolnjujejo in uporabljajo raziskovalci NIB sami za nacionalne raziskovalne projekte. Uspešno je bil uporabljen tudi v okviru več mednarodnih projektov, kjer so ga uporabljali tudi tuji partnerji. Delovanje sistema so raziskovalci nedavno predstavili v znanstvenem članku, objavljenem v Scientific Data, ki je ena vodilnih mednarodnih znanstvenih revij na področju odprte znanosti.

Kot je pojasnil eden soavtorjev članka Marko Petek, znanstvena skupnost takšne sisteme potrebuje, ker ogromno raziskovalnih podatkov ostane neobjavljenih ali pa so v objavah preslabo opisani, da bi jih strokovnjaki, ki niso sodelovali v projektu, lahko uporabili v svojih analizah. Na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo med drugim denimo raziskujejo tudi mehanizme odpornosti rastlin na posledice podnebnih sprememb. To problematiko raziskuje še veliko drugih raziskovalnih skupin po svetu, katerih pristop je v osnovi enak, saj uporabljajo podobne metode.

Rastline gojijo, izpostavijo enemu ali kombinaciji več stresnih dejavnikov, kot so škodljivci, vročina, suša ipd., nato pa opazovanja natančno dokumentirajo in analizirajo odziv rastlin. "Tako ustvarjamo velike količine raznolikih podatkov. S pridobljenimi podatki poskušamo odgovoriti na specifična vprašanja, vendar lahko naši podatki pomagajo odgovoriti tudi na vprašanja, na katera sami ne bi nikoli pomislili." je povzel Petek.

Druga soavtorica članka, Maja Zagorščak, o pomembnosti urejanja podatkov v znanosti dodaja, da dobro upravljanje s podatki ne pripomore le k preprečevanju napak in dolgoročno prihrani čas, ampak omogoča drugim znanstvenikom, da hitreje in ceneje pridejo do odkritij. "Da podatke lahko ponovno uporabimo, moramo poznati podatke o podatkih, ki jim strokovno rečemo metapodatki. Sistem pISA-tree nam omogoča, da podatke, takoj, ko jih generiramo, tudi opremimo z metapodatki." Takšne podatkovne sete lahko potem shranijo v podatkovne baze, kjer so dostopni celemu svetu in jih lahko drugi znanstveniki uporabijo v svojih analizah.

Vodilna avtorica članka in vodja Oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo, kjer so razvili sistem pISA-tree, Kristina Gruden, pa je poudarila, da so svoje svoje podatke želeli organizirati na preprost, ampak dovolj podroben način, da bo zadostil načelom odprte znanosti. Ker takšnega sistema niso našli, so ga začeli razvijati sami. "Od drugih obstoječih sistemov se pISA-tree razlikuje po tem, da so datoteke, ki jih generiramo, razporejene na enoličen način s pomočjo datotečne drevesne strukture, ki je blizu vsem raziskovalcem in zato ne potrebujejo veliko časa, da osvojijo njegov namen in delovanje" je pojasnila Gruden.